Linha Protheus:

1. A rotina de acertos fiscais deverá ser utilizada apenas para a conferências dos valores. Em caso de operações que necessitem de correção se deve adotar o procedimento estabelecido no RICMS do respectivo Estado.
2. É importante que a informação do cadastro de Tipos de Entrada e Saída esteja coerente com a mercadoria ou serviços do documento fiscal bem como a operação que será executada.

Linha Datasul:

O CST do ICMS para os documentos de entrada é informado no momento de efetuar a entrada do documento no módulo de Recebimento através do programa: Manutenção de Documentos (RE1001) na digitação/manutenção de itens (RE1001B2), pasta "Impostos".

Caso não informar a CST no momento da entrada do documento fiscal no Recebimento, a mesma será carregada na rotina de integração, utilizado a regra que está descrita na FAQ: http://tdn.totvs.com/pages/releaseview.action?pageId=226525429

A correção da CST para os documentos fiscais de entrada não é possível efetuar diretamente no módulo de obrigações fiscais. Para efetuar a correção é necessário  efetuar a desatualização do documento fiscal no módulo de Recebimento para o módulo de obrigações fiscais, descontabilizar no Recebimento (caso houver alteração de valores), efetuar a correção das informações e atualizar para o módulo de obrigações fiscais e contabilizar novamente o período (caso tenha descontabilizado).

A busca do CST - Código de Situação Tributária (CST) para as demais operações do Faturamento para ICMS, IPI, PIS e COFINS segue uma sequencia que está detalhado na FAQ: http://tdn.totvs.com/x/VPn7DQ 

Com relação ao código de tributação é possível alterar diretamente no módulo de Obrigações Fiscais sem a necessidade de desatualizar o Recebimento.  Para efetuar a alteração acessar o módulo de Obrigações Fiscais no programa: Manutenção de Documentos Fiscais (OF0305), Manutenção dos itens do documento fiscal, revisando e informando os valores e códigos de tributação corretos.

Lembrando que a tributação do ICMS para o Faturamento e Recebimento é definida entre a combinação da tributação do IPI no cadastro da Natureza de Operação (CD0606) x Atualização itens Faturamento (CD0903). Para identificar as combinações acessar a FAQ: http://tdn.totvs.com/pages/releaseview.action?pageId=219682877 

IMPORTANTE: Notas fiscais já autorizadas pela SEFAZ com alíquota incorreta não poderão ser alteradas, buscar orientação em sua unidade de federação em como proceder nessa situação.
Após a correção efetuar uma nova extração de dados para o módulo Configurador Layout Fiscal e gerar novamente o arquivo EFD ICMS/IPI, retificando os períodos incorretos, caso necessário.

Linha Logix: