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Para que a Customização do Portal do Professor esteja ativa, é necessário configurar para que o Portal do Professor saiba aonde deve procurar pela customização.
Abra o diretório do Portal do Professor e abra o arquivo config.json que se encontra na pasta config.

Neste arquivo é necessário adicionar a propriedade patchCustomization, esta propriedade recebe um ou mais objetos que informam onde está a customização e qual o nome da mesma.
Modelo de customização:
"patchCustomization": [
    {
      "pathName": "/customizacao/PortalDoProfessorIntegracaoAVA",
      "remoteName": "PortalDoProfessorIntegracaoAVA"
    }
  ]

Onde a propriedade pathName é o nome da pasta onde a customização está instalada "/customizacao/PortalDoProfessorIntegracaoAVA" e remoteName é o nome do projeto da customização "PortalDoProfessorIntegracaoAVA".

Estes ajustes são necessários para que o Portal do Professor passe a utilizar a Customização.