Nos arquivos do Linux as linhas terminam com um caracter especial LF (line feed).
Nos do Windows as linhas terminam com dois caracteres CR (carriage return) e LF (line feed).
Essa diferença de caracteres causa problema na utilização destes arquivos (gerados no Linux) em sistemas
bancários e do governo que rodam no Windows. Solução:
Serviço samba
Mapeamentos de rede que utilizam este serviço não alteram os arquivos na transferência e por isso os arquivos
copiados geram este tipo de problema.
Neste caso a única solução é editar o arquivo em algum editor windows like (Wordpad, Winword,etc) e salvar. Serviço FTP
O serviço homologado por nossa equipe, no linux, é o VSFTP.
Outros serviços disponíveis podem ter problema de falta de caracter de final de linha.
Não esquecer de configurar os seguintes parâmetros:
ascii_upload_enable=YES
ascii_download_enable=YES
no arquivo /etc/vsftpd.conf. Se estiverem comentados, remova os comentários e reinicie este serviço.
Unix2dos
Este utilitário do Linux também pode ajudar na conversão do arquivo. | 
