Incialmente esclarecemos que, o Estado de GO relacionou as mercadorias constantes no Protocolo ICMS nº 41/2008 no RCTE, Anexo VIII, Parte II, Item XIII, sendo que os Estados de São Paulo e Goiás são signatários do referido protocolo para efeitos de responsabilidade do recolhimento do imposto devido por substituição tributária. Sendo assim, fica atribuída a responsabilidade do recolhimento do imposto devido por substituição tributária ao remetente da mercadoria.

Desta forma, de acordo com o §4º artigo 12 do RCTE/GO, aprovado pelo Decreto nº 4.852/1997, para efeitos de cálculo do diferencial de alíquotas, deverá ser considerado os benefícios concedidos na forma e condições estabelecidas para a operação ou prestação interna.

No RCTE a mercadoria em questão está indicada no Apêndice V do Anexo IX.

Ainda no tocante do assunto, em relação ao diferencial de alíquotas, conforme dispõe o inciso I do artigo 9º do Anexo IX do RCTE, para as mercadorias constante no Apêndice V deste Anexo, a base de cálculo deve ser reduzida de tal forma que a carga tributária total corresponda ao percentual previsto indicado neste inciso para a respectiva operação interna. 

RCTE/GO
(...)
ANEXO IX
DOS BENEFÍCIOS FISCAIS
(...)
Art. 9° A base de cálculo do ICMS é reduzida, observado o § 1° quanto ao término de vigência do benefício:

I - de tal forma que resulte aplicação sobre o valor das seguintes operações do equivalente aos percentuais a seguir determinados, ficando mantido o crédito e devendo ser observado que, para efeito de exigência do ICMS devido em razão do diferencial de alíquotas, a base de cálculo deve ser reduzida de forma tal que a carga tributária total corresponda ao percentual previsto neste inciso para a respectiva operação interna (Convênio ICMS 52/91, cláusulas primeira, segunda, quarta e quinta):

a) nas saídas interna e interestadual com máquina, aparelho e equipamento industriais, relacionados no Apêndice V deste anexo, 8,80% (oito inteiros e oitenta centésimos por cento) (Convênios ICMS 52/91, cláusula primeira, I, "b" e II)

b) nas operações a seguir enumeradas com máquina e implemento agrícolas, relacionados no Apêndice VI deste anexo:

1. na saída interestadual, 7% (sete por cento) (Convênio ICMS 52/91, cláusula segunda, inciso I, alínea "b")

2. na saída interna, 5,60% (cinco inteiros e sessenta centésimos por cento) (Convênio ICMS 52/91, cláusula segunda, inciso II);

Desta forma, conclui-se, que o benefício fiscal atribuído pelo inciso I, artigo 9º, Anexo IX do RCTE, será aplicado para efeitos de cálculo do diferencial de alíquotas devido ao Estado de GO, devendo ser calculado seguindo a metodologia de cálculo disposto no artigo 65 do RCTE.

Art. 65. O imposto a pagar resulta da diferença a maior, entre o débito referente às operações com mercadoria ou prestações de serviços realizadas pelo contribuinte, em determinado período, e o crédito relativo ao ICMS cobrado nas operações ou prestações anteriores, devendo ser observado o seguinte (Lei nº 11.651/1991 , art. 56 ):

[...]

III - relativamente ao diferencial de alíquotas, o contribuinte deve calcular o montante do imposto devido em cada operação ou prestação, mediante a aplicação do percentual correspondente à diferença entre a alíquota prevista para as operações e prestações internas e a prevista para as operações e prestações interestaduais destinadas a este Estado sobre a base de cálculo obtida a partir da seguinte fórmula:

Onde:
BCDIFAL = base de cálculo do diferencial de alíquotas;
VTNANTES DIFAL = valor total da nota antes da obtenção do valor do diferencial de alíquotas;
AICMS INTRA = alíquota prevista para as operações ou prestações internas no Estado de Goiás.
[...]

Levando em consideração o cálculo apresentado na questão, entendemos que o cálculo do diferencial de alíquota será:

BCDifal: 1.000,00 / 0.83 = 1.204,82
Diferença de alíquotas = 8,80% - 5,14% = 3,66%
Difal = 1.204,82 * 3,66%
Difal = 44,09

Efetuamos uma consulta externa e uma consulta junto ao fisco de Goiás via telefone, e demonstraram o mesmo entendimento.
Caso haja entendimento diverso do exposto, orientamos a realizar uma consulta formal junto ao fisco de GO, a fim de obter destes, uma resposta oficial e personalizada para o seu negócio.