No ECD o envio do plano referencial era opcional, neste caso conseguiremos aproveitar o ECD gerado e efetuar tão somente a correlação com o plano referenciado?

Na ECF o referenciamento do Plano de Contas Contábil para o Plano de Contas Referencial da RFB é obrigatório. Se a ECD foi gerada sem esse referenciamento, deve-se executar essa atividade na Gestão Contábil.

Quando gerei a ECD inativei algumas contas e não as vinculei no RM Saldus, porem quando recuperei o bloco no ECF ocorreram erros por falta de vinculação dessas contas, existe alguma forma de não levar essas contas inativas?

Não é possível retirar essas contas das obrigações acessórias pois possuem histórico e foram utilizadas e enviadas um dia.