Para definir se alteração da condição comercial será por produto ou por filial, verifique o parâmetro 2632 - Utilizar política comercialpor da rotina 132- Parâmetros da Presidência,  se estiver marcado por Produto a atualização da condição comercial sera aplicada para todas as filiais, caso seja marcada por Produto/Filial a alteração será somente para a filial do pedido.

Lembrando que a opção por Produto ou por Produto/Filial alimenta tabelas diferentes, então caso mude a opção do parâmetro, as informações não serão as mesmas.