Atualmente o CTESEFAZ3 não está preparado para gerar a tag cUnid no XML do CT-e com a opção 02 - TON, conforme determinado na MOC disponibilizada no portal da SEFAZ:

Cliente possui um cenário hoje onde necessita dessa opção de toneladas. Segue abaixo parecer do cliente:
"Seguindo minha necessidade de cálculos e transmissões fiscais sobre o CTE, tenho as seguintes determinações de calculo de envio e demonstração:
01-KG; 02-TON; 03-UNIDADE; 04-LITROS;
Na montagem dos cálculos, regras e processos, sentimos falta da execução e demonstração do calculo e envio sobre Tonelada para a Sefaz e entramos em questionamento com o Analista, que revisou os fontes do CTEFAZ3.prw, que trata e faz estes envios e ficou identificado que não há o tratamento para tal unidade (TON), seguindo normalmente as outras.
Nas minhas determinações seguidas, emitimos por regra municipal que me desobriga emitir cte por viagem e sim um aglutinado mensal quando para a cidade onde reside a empresa, o calculo sobre KG tornaria muito grande e inviável a demonstração e preenchimento fiscal, tanto para questões de calculo, quanto envio para a Sefaz, tendo documento que poderá chegar, se assim tiver que converter, a 120.000.000.0000 KG para calculo, tendo impacto também em todas as rotinas e campos do sistema, que hoje não atendem essa demanda de tamanho de campos padrões, sendo que a nota técnica AUTORIZA o envia e tratamento de calculo por Tonelada.
No fonte ctesefaz3.prw não está tratada para essa unidade (TON), nem as características do sistema, impedindo assim meu trabalho que hoje já utiliza essas unidades presentes para calculo, sendo aceitas pela Sefaz, como segue na nota técnica em anexo.
Precisamos urgentemente dessa tratativa, pois impacta em nosso trabalho."