A configuração de acesso que é realizada diretamente nas configurações do menu somente será executada caso não haja configuração de restrições de acesso de menu (no cadastro de usuário) e também não haja configurações de privilégios para o usuário (também no cadastro de usuário).
Uma vez que se acesse a configuração de restrições de acesso de menu no usuário e se confirme a tela que mostra os acessos, é gerado um registro daquela configuração no profile do usuário, ou seja, se aquela tela foi confirmada com todos os acessos preenchido o sistema entende que aquele usuário deverá ter todos os acessos.
Uma vez que já existe o registro no profile e se deseja voltar a configuração do menu será necessário realizar a manutenção no profile para excluir o registro daquele acesso.
Todavia, caso deseje manter a gestão de privilégios como no exemplo abaixo:
Utilize a função MenuDef() para construção de menus customizados.