Essa mensagem ocorre porque o arquivo de certificado utilizado não foi vinculado ao certificado da prefeitura de Curitiba.
Faça o login no Portal da Prefeitura: https://isscuritiba.curitiba.pr.gov.br/iss
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*No primeiro acesso, não usar certificado.
Vá em Contribuinte -> NFS-e -> Vincular certificado digital
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O sistema irá perguntar se você deseja vincular o certificado ao seu login, clique em "Sim.
Caso tenha vinculado o certificado com sucesso, aparecerá uma mensagem de confirmação.
Depois faça o seguinte teste.
Saia do navegador ou abra em modo anonimo e acesse o site: https://isscuritiba.curitiba.pr.gov.br/iss/Principal/frmVincularCertificadoDigital.aspx
Selecione o certificado vinculado anteriormente. Se você conseguir logar, significa que o vinculo foi efetuado com sucesso.
Pode tentar emitir a NFS-e no Logix (que deve utilizar o mesmo certificado que foi vinculado no site da prefeitura).