O MV_ESTNEG não tem nenhum efeito no Faturamento. Ele é exclusivo para movimentações realizadas no módulo de Estoque / Custos (registrar uma saída em movimentações internas para produto que não possui saldo).
No módulo Faturamento, para que não seja faturado produto que não possui saldo (causando assim estoque negativo), a forma é realizar a liberação do Pedido somente de forma automática!
A análise automática bloqueia o Pedido quando avalia que não há saldo, impedindo que seja Faturado. Enquanto que a liberação manual caracteriza que a análise é manual e deve desconsiderar os saldos do ERP.
Assim, realize sempre de forma automática a liberação para evitar que gere estoque negativo.
Para evitar que os Pedidos sejam liberados manualmente (caso já devidamente analisado viável em seu negócio), há uma série de fatores a considerar.
Consulte a FAQ: FAT0006_Retirar_permissões_para_Liberação_Manual_do_Pedido_de_Vendas
Obs: Ao realizar a Preparação do Documento de Saída, para um Pedido não liberado, o sistema identifica e demonstra que o item está bloqueado por Crédito ou por Estoque (caso não tenha saldo disponível) e não conclui o processo de Preparação do Doc de Saída.