A legislação Estadual de São Paulo é bem rígida no que se refere a transporte parcelado de mercadoria, prevê que nas hipóteses em que a mercadoria tenha sido vendia em uma quantidade única por preço estabelecido e que não seja possível transporta-la em um único veículo a operação seja acobertada por dois tipos de documentos distintos: Emitir Nota Fiscal para o todo, sem indicação correspondente a cada peça ou parte, com destaque do valor do ICMS, se devido, devendo constar no campo "Informações Complementares" que a remessa será feita em peças ou partes; Emissão de documento para cada remessa de mercadoria, mesmo que estas sejam feitas em esquema de comboio, com menção, no campo "Informações Complementares", do número, da série (se adotada) e da data de emissão da Nota Fiscal emitida para o todo. Os conhecimentos de transportes devem ser feitos com base nos documentos que acobertarem a remessa da mercadoria. Como exceção a esta regra temos a hipóteses de que o volume transportado ultrapassa a capacidade física do veículo exigindo que o transporte seja feito por mais de um veiculo, nesta hipótese podemos transmitir um único documento fiscal e conhecimento de transporte lembrando que os veículos necessitam obrigatoriamente trafegaram juntos. Nos casos específicos de transporte de mercadoria em dois veículos considerando que as definições do Manual de Orientações do Contribuinte, versão 3.00 de Outubro de 2016 apresenta TAG´s especificas para a descrição dos veículos consideramos a hipótese de emissão de dois manifestos utilizando a aba “Unidade de Transporte” campo “quantidade rateada” é o percentual que a referida nota ou conhecimento de transporte ocupa na referida unidade, para vincular as operações. Vale lembrar que a definição e regras para transito de mercadorias em comboio pode variar de acordo com a legislação estadual, bem os procedimentos de documentos fiscais a serem utilizados. Abaixo as TAG do Manifesto que identificação o veículo em que esta ocorrendo a documentação:  
Importação em comboio, qual a forma correta de emitir os documentos fiscais para o transporte desta operação?
No Estado de São Paulo, quando falamos de operações de importação em comboio, ou seja, a divisão cômoda da mercadorias para entrega ao importador, temos a orientação da Resposta Consulta abaixo:
RESPOSTA À CONSULTA TRIBUTÁRIA 19372/2019 Cenário: ICMS – Prestação de serviço de transporte – Mercadoria importada cuja unidade exige o transporte de mais de um veículo – Comboio de partes e peças que, por sua quantidade, comporta divisão cômoda – Emissão de Nota Fiscal Eletrônica (NF-e) – Emissão de Conhecimento de Transporte Eletrônico (CT-e). I. Quando a mercadoria, por sua quantidade e volume, exigir que o seu transporte ocorra por dois ou mais veículos e comportar divisão cômoda, a cada veículo deverá corresponder um documento fiscal (uma NF-e e uma CT-e), conforme se depreende do disposto no inciso I do artigo 461 do RICMS/200 III. A faculdade estabelecida para o contribuinte importador emitir uma única Nota Fiscal (NF-e) referente à totalidade (quantidade/volume) da mercadoria importada (inciso I do artigo 137 do RICMS/2000), para acobertar o transporte até o seu respectivo estabelecimento (e consequente entrada), não autoriza o transportador, na hipótese de a mercadoria comportar divisão cômoda, a emitir um único documento fiscal para a prestação de serviço de transporte (CT-e), ainda que todos os veículos transportadores trafeguem juntos. (...) Interpretação: (..) 5.1. Apenas na hipótese de a mercadoria, por sua unidade, necessitar ser transportada em partes (p.e.: máquina ou equipamento de grande porte), é estabelecida a faculdade de emissão de um único documento fiscal, tanto para acobertar a própria mercadoria (NF-e, pelo disposto no artigo 7º, III, “c”, da Portaria CAT-162/2008) como para a prestação do serviço de transporte (CT-e), desde que todos os veículos transportadores trafeguem juntos para efeito de fiscalização (inciso II do artigo 461 do RICMS/2000). 5.2. Todavia, excepcionalmente, quando se tratar de importação e a mercadoria for transportada de uma só vez, ainda que comporte divisão cômoda, o contribuinte importador poderá emitir uma única NF-e referente à totalidade (quantidade/volume) da mercadoria que importou, para acobertar seu transporte e entrada no seu respectivo estabelecimento (artigo 137, inciso I, do RICMS/2000). Contudo, nessa hipótese em que a mercadoria comporta divisão cômoda, o transportador não está autorizado a emitir um único CT-e para a prestação de serviço de transporte, ainda que pretenda que todos os veículos transportadores trafeguem juntos. 6. Do exposto, na situação descrita, se a unidade da mercadoria exigir o transporte por mais de um veículo e todos trafegarem juntos, de uma só vez, para efeito de fiscalização, será facultada a emissão de uma única NF-e em relação à mercadoria importada, ainda que, por sua quantidade e volume, comporte divisão cômoda. 7. Nessa hipótese em que a mercadoria, por sua quantidade e volume, comporta divisão cômoda, a Consulente (transportadora) deverá emitir um CT-e para cada um dos veículos que necessitar utilizar para transportar toda a mercadoria em questão (quantidade/volume). 7.1. Considerando que o tomador da prestação de serviço, com base na autorização estabelecida no artigo 137, inciso I, do RICMS/2000, emite uma única Nota Fiscal referente à entrada de toda a mercadoria (documento que deverá acompanhar o transporte), a Consulente deverá informar os dados dessa única NF-e em cada CT-e emitido (anexando, se possível, cópia do Documento Auxiliar de Nota Fiscal Eletrônica - DANFE em cada um deles), identificando, ainda, as características que envolvem a prestação. 7.2. Também deverá providenciar que os veículos trafeguem todos juntos (comboio), uma vez que o transporte em separado irá exigir que o importador emita um documento fiscal para cada remessa “parcelada” da mercadoria, na forma estabelecida pelo artigo 137, II, do RICMS/2000. (...)
SUBSEÇÃO IV - DA EMISSÃO DE NOTA FISCAL NA ENTRADA DE MERCADORIAS Artigo 137 - Relativamente à mercadoria ou bem importado a que se refere a alínea "f" do inciso I do artigo anterior, observar-se-á, ainda, o seguinte (Lei 6.374/89, art. 67, § 1°, Convênio de 15-12-70-SINlEF, art. 55, na redação do Ajuste SlNlEF-3/94, cláusula primeira, XII; Convênio ICM-10/81, cláusula quarta, §§ 1º, 2º, 3º e 4º, o segundo na redação original e os demais na redação do Convênio ICMS-132/98, cláusulas primeira e segunda, e Convênios ICMS-49/90 e ICMS-121/95): I - quando a mercadoria for transportada de uma só vez, o transporte será acobertado pelo documento de desembaraço e pela Nota Fiscal;
Pode-se perceber que, conforme dispositivos mencionados acima, em se tratando de operações de importações em São Paulo em que seja necessário o fracionamento da mercadoria em dois ou mais veículos para entrega em comboio, é facultado ao importador a emissão de NF única para o transporte da mesma, já o CT-e, será necessário a emissão de um CT-e para cada veiculo do comboio. Em se tratando do MDF-e podemos entender que só será devido a emissão de mais de um documento, quando o destino final se tratar em uma UF Diferente da origem, ou seja, para cada Estado envolvido no descarregamento, deverá existir um MDF-e correspondente, segue abaixo:
AJUSTE SINIEF 21, DE 10 DE DEZEMBRO DE 2010 Cláusula terceira O MDF-e deverá ser emitido no término do carregamento e antes do início do transporte: (...) § 2º Deverão ser emitidos tantos MDF-e distintos quantas forem as unidades federadas de descarregamento, agregando, por MDF-e, os documentos referentes às cargas a serem descarregadas em cada uma delas, exceto quando o transporte for: I - de carga própria, acobertada por NF-e, e carga de terceiros, acobertada por CT-e; II - realizado por Transportador Autônomo de Cargas acobertado por MDF-e emitido por diferentes contratantes. (...)
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