Para situações que o funcionário não registra ponto, mas está vinculado a um turno com tabela de horário padrão, o sistema não estava respeitando a Regra de apontamento que continha tolerância configurada para faltas.

Caso não queira que gere apontamentos de faltas para estes funcionários cadastrar uma regra de apontamento com tolerância para Faltas e vincular ao funcionário em questão.